房屋确权是保障房屋所有人依法对自己的房屋享有占有、使用、收益、和处分的权利，它是唯一完全的物权。虽然国家在加快农村房地一体不动产登记工作，但并不是所有的农村房屋都能够进行确权登记，以下几类房屋不仅不能确权登记，根据《土地管理法》、《宅基地管理办法》、《城乡规划法》等相关规定还将会被拆除。
1、农村居民未经或者骗取批准非法占用农村土地新修建的房屋。此类房屋，根据《土地管理法》第七十七条规定，将拆除非法占用土地上新建的房屋。
2、房屋的宅基地面积超过省、自治区、直辖市规定的标准，此类房屋仅确权合理登记范围的宅基地面积，多余的宅基地原则上交予农民朋友继续使用，待房屋翻新、重建时将收回多余宅基地。
3、买卖或者以其他形式非法转让宅基地上修建的房屋，《土地管理法》第二条、第七十三条就明确规定：禁止买卖或者非法转让农村土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的将拆除土地上的建筑设施。