余甘子为一种常用藏药，与诃子，毛诃子三者在藏药中常被称为“三大果”使用频率很高 ，在《藏药标准》所载的290种藏药成药中，含余甘子的有72种，占总数的25%，卫生部药品标准1995年版藏药标准所载200种成药中，有59含余甘子，占29%，余甘子被载入《中国药典》1977年版一部。
余甘子果实味酸微涩，清热凉血，消食健脾，生津止渴。主治血热血瘀，消化不良，腹胀，咳嗽，喉痛，口干及维生素C缺乏症。在藏药中，余甘子主治培根病、赤巴病、血病、高血压病等。研究结果表明，余甘子具有抗炎，抗氧化，抗衰老，保肝等作用。
果实(余甘子)：甘、微涩，凉。清热利咽，润肺止咳。用于感冒发热，咽喉痛，咳嗽，口千烦渴，耳痛，维生素丙缺乏症。根 (油柑根)：辛，寒。有毒。消食，利水，化痰，杀虫。用于高血压症，胃痛，泄泻，瘰疬。 叶(油柑叶)：辛，平。祛湿利尿。用于水肿，皮肤湿疹。 树皮(油柑木皮)：甘、酸，寒。杀菌祛腐，止血。用于口疮，疗疮，痔疮，阴囊湿疹，外伤出血。树枝的虫瘿(油柑虫节)：用于胃痛，疝气，遗精，小儿疳积，牙痛。